C'est non seulement la culture du café mais aussi
toutes les étapes suivantes de la chaîne de production qui doivent être
certifiées.
La
transformation dans l'exploitation, le stockage, le transport, la transformation
à l'exportation, l'expédition, l'exportation, l'importation, la torréfaction, le
conditionnement, la distribution, et les vents au détail sont autant d'étapes
devant être certifiées biologiques. Le contact avec du café produit en
agriculture conventionnelle doit être exclu et donc une séparation dans le temps
et/ou l'espace doit exister. La pulvérisation ou la fumigation d'agents toxiques
n'est jamais autorisée et des mesures spéciales doivent être prises pour éviter
tout contact avec les endroits où la fumigation a été effectuée. Des documents
adéquats doivent être conservés qui consignent les entrées et les sorties de
café pour que tout le flux de produit puisse être documenté et justifié, c'est
ce que l'on appelle souvent la traçabilité. Toutes les étapes de la chaîne
doivent donc être documentées et gérées de manière à pouvoir remonter jusqu'à
l'origine du produit d'une étape à l'autre (suivi et repérage), et ainsi
garantir qu'aucune contamination par du café conventionnel ne s'est produite.
Cette traçabilité minimise le risque de fraude à toutes les étapes et constitue
une part très importante du processus d'inspection par les organismes de
certification.
L'aromatisation du café torréfié est autorisée
lorsque des matières ou des préparations aromatisantes naturelles sont
utilisées. S'agissant du conditionnement du café torréfié, l'utilisation d'azote
ou de dioxyde de carbone est autorisée. Pour la décaféination du café, les
solvants chimiques (chlorure de méthylène par exemple) ne sont pas autorisés,
mais la décaféination à l'eau ou au dioxyde de carbone supercritique (méthode
CO2) est possible.